明万历四十年(1612年),番禺举人李惟凤等兴建,故是明代砖塔。由于它是从水路进入广州见到的第一座塔,又有“省会华表”之称,与赤岗塔、琶洲塔好像形成三座灯塔一样引航指路。
塔高50米,外观9层,内11层,层层铺设木楼板。粉墙红柱,八面设门窗或龛。每层外檐角均设风摆铜铃,共七十二个。塔顶供奉万世师表的孔子像。造型古雅,工艺精湛,是典型的中国古建筑。值得一提的是,莲花塔属楼阁式砖塔,平面八角形,取“天、地、阴、阳、风、雷、水、火”八卦之意。
很久以前,南粤瘟疫横行,民不聊生,遂于“主峰建塔,增高添厚,固地脉事,消除瘟疫”。因此,莲花塔是风水塔。
1938年,莲花塔受日军炮火轰击,二、三、四、七层东南面的塔身轰烂,却始终未能击倒。1981年,番禺籍澳门知名人士何添、何贤兄弟捐资修塔,莲花塔重新焕发英姿。